Nelle ultime versioni di Notepad++ è stato introdotto "Plugin Manager", un plug-in per gestire gli altri plug-in. Su Windows Vista e successivi potrebbe capitare di non riuscire ad aggiornare qualche plug-in in automatico.
Un modo per risolvere è quello di eseguire Notepad++ con privilegi di amministratore. Per farlo si deve cliccare con il tasto desto sul link per aprire Notepad++, cliccare su "Esegui come amministratore" e dare la conferma. A questo punto si possono aggiornare i plug-in senza problemi e la prossima volta Notepad++ non verrà eseguito con i privilegi di amministratore, così da evitare problemi di sicurezza.
La stessa procedura si può attuare per evitare l'errore 1002 quando si tenta di controllare gli aggiornamenti tramite Notepad++.