Per modificare i permessi di un file tramite FileZilla basta cliccare con il tasto destro sul file, selezionare la voce "Permessi" dal menù e assegnare i permessi voluti.
Si possono scegliere i permessi di lettura, scrittura ed esecuzione per il proprietario, il gruppo o per tutti singolarmente oppure è possibile inserire il valore numerico.
Per modifica i permessi a una cartella la procedura è la medesima con la differenza che è possibile decidere di modificare contemporaneamente anche i permessi delle cartelle e dei file contenuti.